La iglesia parroquial de Santa María Magdalena perteneció al antiguo convento de San Pablo de frailes dominicos. Para hacer la plaza de la Magdalena, la antigua parroquia de este nombre fue derribada por los franceses en 1811. Como el convento estaba sin religiosos desde 1835 por la desamortización de Mendizábal, en 1842 pasó definitivamente la parroquia a su sede actual.
El convento primitivo fue construido hacia 1255. El templo actual es de 1724 y es obra de Leonardo de Figueroa. Es de estilo barroco, de tres naves y de gran monumentalidad.
El órgano se encuentra en el coro, en el lado de la Epístola. Fue construído en 1795 por Juan Debono, oficial de Jordi Bosch en la construcción del desaparecido órgano de la catedral de Sevilla. En 1811 fue restaurado por D. Valentín Verdalonga añadiéndole algunos registros y perdiendo su carácter original. D. Juan Romero y D. Fernando Collantes han efectuado, hace algunoa años, una interesante restauración.
La caja es de estilo neoclásico. Tiene cinco huecos para la tubería vertical tre torreones y dos planos lisos dobles.
Tiene un sólo teclado de 51 puntos y un pedalero de 12 contras en forma de botones.
Registros:
Mano derecha: Violoncelo / Bajoncillo / Clarín / Trompeta Magna / Octava / Corneta Real / Zímbalo / Lleno / Ventidocena / Flauta travesera / Flautado de 1 3 / Violón
Mano izquierda: Violoncelo / Bajoncillo / Trompeta Real / Corneta / Zímbalo / Lleno / Quincena/ Docena / Octava general cuatro / Flautado de 1 3 / Violón 8
Este órgano perteneció a la antigua parroquia destruída en 1811.
En el lado del Evangelio encontramos los restos del antiguo órgano del convento de San Pablo. Sólo queda la caja y algunos tubos exteriores. Es de estilo barroco del siglo XVIII y de autor desconocido.